W ramach tworzonego Instytutu Kardiologii, zarządzeniem rektora Akademii Medycznej z dnia 25 września 1979 r., w szpitalu noszącym wówczas nazwę im. Dr Anki, utworzono Oddział Chorób Serca i Naczyń, przekształcony w 1981 roku w Klinikę Chorób Serca i Naczyń. Wszyscy asystenci, początkowo Oddziału, a od 1981 roku Kliniki, stanowili bardzo młodą kadrę, zaczynając pracę od stażu lub specjalizacji I stopnia z zakresu chorób wewnętrznych.

Kierownikiem Oddziału a następnie Kliniki była p. prof. dr hab. n. med. Wiesława Tracz. Od 2009 r. kierownikiem Kliniki został jej poprzedni zastępca prof. dr hab. n. med. Piotr Podolec.

Zaplecze diagnostyczne Kliniki organizowano od podstaw, utworzono Pracownię Diagnostyczno-Rehabilitacyjną i Pracownię Holterowską. Fundusze na aparaturę pozyskiwano od sponsorów i z programów naukowych. Dzięki tym działaniom w 1980 r. Klinika jako jedna z pierwszych w Polsce otrzymała echokardiograf i jako pierwsza w makroregionie południowo-wschodniej Polski wprowadziła echokardiografię do rutynowej diagnostyki chorób układu krążenia.

Obecnie w Pracowni Diagnostyczno-Rehabilitacyjnej, która wchodzi w skład Kliniki, znajduje zastosowanie nowoczesna specjalistyczna aparatura echokardiograficzna z zestawem głowic i oprogramowaniem umożliwiającym zastosowanie techniki dopplerowskiej, kontrastowej, echokardiografii przezprzełykowej i ultrasonografii naczyniowej oraz aparatura do wykonywania testów wydolnościowych w tym testów spiroergometrycznych.

Pracownia świadczy usługi w zakresie nieinwazyjnej diagnostyki kardiologicznej na rzecz Kliniki i Specjalistycznej Poradni Kardiologicznej i Kardiochirurgicznej. Do 2012 r. kierownikiem pracowni był prof. dr hab. n. med. Piotr Podolec a obecnie funkcję tę pełni dr hab. n. med. Wojciech Płazak. Każdego roku w pracowni wykonywanych jest ponad 15.000 badań., w tym: elektrokardiograficzne testy wysiłkowe, testy spiroergometryczne, badania echokardiograficzne przezklatkowe (spoczynkowe, wysiłkowe, dobutaminowe), przezprzełykowe, ultrasonograficzne naczyń obwodowych (szyjnych, podobojczykowych, kończyn górnych i dolnych, nerkowych, wewnątrzczaszkowych).

W 1991 r. w ramach działalności Kliniki powstała Pracownia Holterowska, która dysponuje wysokiej klasy sprzętem do 24-godzinnego monitorowania EKG metodą Holtera. Do 2014 r. kierownikiem pracowni była dr hab. n. med. Maria Olszowska, prof. UJ. Obecnie pracownia, po zmianach organizacyjnych, świadczy również usługi dla kilku innych klinik w Krakowskim Szpitalu Specjalistycznym im. Jana Pawła II.

W 1984 r. rozpoczęła działalność Pracownia Medycyny Nuklearnej początkowo kierowana przez dr. n. med. Wojciecha Jarosza. Obecnie Pracownię przekształcono w Zakład Medycyny Nuklearnej Krakowskiego Szpitala Specjalistycznego im. Jana Pawła II, którym kieruje dr hab. n. med. Magdalena Kostkiewicz, prof. UJ. Zespół Zakładu Medycyny Nuklearnej wykonuje na co dzień liczne specjalistyczne zabiegi diagnostyczne a ponadto bierze czynny udział w wielu międzynarodowych projektach naukowych i szkoli specjalistów z zakresu chorób wewnętrznych, kardiologii i medycyny nuklearnej.

Pracownie oraz lekarze uzyskali najwyższe stopnie i klasy certyfikatów Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego, wyszkolono kilkuset specjalistów z zakresu nieinwazyjnej diagnostyki chorób układu krążenia.

Od początku istnienia Kliniki zespół lekarzy wykonuje pełny zakres inwazyjnych badań i zabiegów terapeutycznych chorób układu krążenia w tym ostrych zespołów wieńcowych, wrodzonych i nabytych wad serca. Pierwsza Pracownia Hemodynamiczna w Szpitalu Dr Anki dysponowała jedynie wysłużonym „seriografem”. Od 1983 roku cewnikowania serca z koronarografią były wykonywane w pracowni Zakładu Radiologii AM przy ul. Kopernika (kierownik: doc. dr hab. med. Olgierd Billewicz), a następnie w nowoczesnych pracowniach Zakładu Hemodynamiki i Angiokardiografii Instytutu Kardiologii Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medicum (kierownik: prof. dr hab. n. med. Krzysztof Żmudka).

W styczniu 1987 roku w Klinice przeprowadzono pierwsze w makroregionie południowo-wschodniej Polski zabiegi przezskórnej śródnaczyniowej angioplastyki tętnic wieńcowych w leczeniu choroby niedokrwiennej serca (prof. dr hab. n. med. Piotr Odrowąż-Pieniążek, prof. dr hab. n. med. Tadeusz Przewłocki, prof. dr hab. n. med. Piotr Podolec). W 1995 roku wdrożono implantację „stentów” do tętnic wieńcowych. Członkowie zespołu Kliniki współuczestniczyli we wdrażaniu Programu Ostrej Klatki Piersiowej a także 24-godzinnego leczenia ostrych zespołów wieńcowych w ramach Małopolskiego Programu Leczenia Zawałów Serca przy pomocy angioplastyki wieńcowej.

Na przełomie lat 80-tych i w latach 90-tych wprowadzono do terapii biopsję mięśnia serca oraz inne metody przezskórnego leczenia: walwuloplastykę zastawek serca, alkoholową ablację w leczeniu kardiomiopatii przerostowej z zawężeniem drogi odpływu lewej komory, a w 2000 r. angioplastykę tętnic obwodowych w tym szyjnych, podobojczykowych, kręgowych, nerkowych i tętnic kończyn dolnych.

W ostatnich latach wprowadzono nowoczesne metody dla oceny blaszki miażdżycowej – wewnątrznaczyniową ultrasonografię i wirtualną histologię (dr hab. n. med. Piotr Musiałek). Zespól Kliniki bierze udział w pionierskim programie wszczepienia przezwieńcowego komórek macierzystych u chorych po zawale serca.

Od 2001 r. realizowany jest program wdrażania nowych metod leczniczych polegających na implantacji drogą przezskórną urządzeń umożliwiających nieoperacyjne zamykanie przecieków wewnątrzsercowych.

W 2004 r. rozpoczęto w Klinice leczenie tętniczego nadciśnienia płucnego. Początkowo obserwację i leczenie chorych z tętniczym nadciśnieniem płucnym prowadzono w ramach badań naukowych i prób klinicznych z uwagi na brak refundacji leków. Od 2008 r. prowadzony jest program terapeutyczny: „Leczenie tętniczego nadciśnienia płucnego” finansowany przez Narodowy Fundusz Zdrowia.

W 2011 r. z inicjatywy prof. dr. hab. n. med. Piotra Podolca oraz Dyrekcji Krakowskiego Szpitala Specjalistycznego im. Jana Pawła II powstało pierwsze w Polsce i Europie Centrum Chorób Rzadkich Układu Krążenia (CRCD). Centrum powstało w ramach projektu „Utworzenie europejskiej sieci współpracy w zakresie tzw. „sierocych” chorób kardiologicznych”. Trudne przypadki chorych konsultowanych w CRCD są przedstawiane i omawiane podczas kwartalnych wideokonsultacji z udziałem ekspertów z Polski i z zagranicy. CRCD współpracuje z ponad 200 polskimi specjalistami z różnych dziedzin medycyny (kardiologii, kardiochirurgii, pediatrii, chirurgii ogólnej, anestezjologii, pulmonologii, torakochirurgii, neurologii, ginekologii, nefrologii, ortopedii, hematologii, endokrynologii, psychologii, psychiatrii i nauk podstawowych), oraz z 18 ośrodkami europejskimi. Opracowano i wdrożono klasyfikację chorób rzadkich układu krążenia, wydano podręcznik pt.: Rare Cardiovascular Diseases. From classification to clinical examples, utworzono stronę internetową www.crcd.eu oraz kwartalnik Journal of Rare Cardiovascular Diseases (www.jrcd.eu).

Od 2008 r. w pracowniach Kliniki wykonywane są badania i konsultacje zawodników wyczynowo uprawiających sport. Koordynatorem Programu Medycyny Sportowej jest prof. dr hab. n. med. Piotr Podolec a konsultantami są: dr hab. n. med. Lidia Tomkiewicz-Pająk, dr n. med. Monika Komar, lek. med. Izabela Karch.

Od 2012 r. Klinika realizuje i koordynuje „Program zdrowotny w zakresie prewencji i wykrywania chorób układu krążenia w populacji mieszkańców województwa małopolskiego” (2012-2018), finansowany z budżetu Województwa Marszałkowskiego, którego twórcami i koordynatorami są kierownik Kliniki Prof. dr hab. n. med. Piotr Podolec oraz dr n. med. Grzegorz Kopeć. Głównym celem Programu jest zmniejszenie umieralności i zachorowalności na choroby układu krążenia oraz poprawa stanu zdrowia i jakości życia mieszkańców województwa małopolskiego, jak również podnoszenie jakości i efektywności regionalnego systemu ochrony zdrowia.